West sendromu ve Landau-Kleffner sendromu gibi bazı epileptik sendromlar otizmle yakından ilişkilidir. Antiepileptik tedaviye yanıt veren ve geri dönüşümlü epilepsi- otizm tabloları da bulunmaktadır. Angelman ve Rett sendromu gibi genetik hastalıklar çerçevesinde otizm, ağır EEG anormalliği ve durdurulamayan dirençli epilepsi nöbetleriyle de ilişkilidir. Otizmde epilepsi nöbetleri gözden kaçabilecek kadar farklı ve çeşitli olabilir. Örneğin anlık dalma nöbetlerini tanımak zor olabilir. Eğitimcilerin dikkatini bu tip nöbetlerin çekmesi hiç de seyrek rastlanan bir olgu değildir, ayrıca gözden kaçan epilepsi nöbetleri çocuğun gelişimine ve eğitimine zarar verebilir. Otizmde epilepsi nöbetleri,belirgin bir nedene bağlı olan semptomatik nöbetler halinde daha çok ortaya çıkar.